
A Igreja é levantada em memória de um milagre do Senhor Jesus e começou a ser construída no ano de 1732. As obras iniciaram-se com as esmolas recolhidas pela Confraria do Senhor Jesus. Em 1750, o interior do edifício estava concluído, faltando no exterior as torres e o gradeamento da galilé superior, terminados já no final do século XIX, por intervenção do arquitto Korrodi. A direcção dos trabalhos esteve a cargo do mestre José da Silva, do Juncal, substituído em 1750 pelo seu filho Joaquim, que foi o responsável pela frontaria e pela galilé do templo. Neste mesmo ano de 1750 no mês de Junho, esta igreja foi erecta freguesia, com a respectiva provisão de pároco.
Desconhece-se o autor do projecto da igreja. Fosse quem fosse estava familiarizado com as obras da Basílica de Mafra. A própria frontaria do templo dos Milagres parece decalcada do modelo da Basílica. Duas torres sineiras enquadram uma fachada de cinco vãos, sendo aqui o arco mais largo e abatido. No piso superior abrem-se cinco janelões. Lateralmente há dois claustros, de sete arcos com portas para o interior da igreja, esta é de uma só nave.
A zona dos altares encontra-se separada do resto da nave por um cancelo de balaústres de calcário. A cúpula é caiada e muito funda. As janelas, quadradas, abertas na capela-mor sob a cornija apresentam-se entre superfícies de mármore preto. Alguns nichos e mísulas com estatuária animam as paredes da capela-mor.
A toda a volta, painéis de azulejos setecentistas fabricados no Juncal em 1795 pelos ceramistas Silva e Sousa, netos do mestre José da Silva.
1730 - Colocação de um ex-voto no sítio onde sucedera o prodígio;
1732 - Há já uma ermida no local;
1733/1735 - Regista-se um período de grandes despesas com pagamentos de matéria-prima e respetivo transporte para a edificação do santuário;
1736 - A igreja diocesana recorre ao estaleiro de Mafra, de onde saem o mestre arquiteto José da Silva Coelho e outros oficiais como José Ribeiro e André Coelho;
1747 - Substituição do Mestre José da Silva por seu filho Joaquim da Silva Coelho;
1750 - A freguesia é desanexada da de Regueira pelo Bispo D. Frei João de Nossa Senhora da Porta;
1795 - Azulejos das oficinas do Juncal com extensa legenda do milagre que deu origem ao monumento.

Os azulejos do Juncal:
Há alguns anos publicou Maria Filomena Silva Martins um excelente livro sobre "Os azulejos do Juncal" onde, além da descrição e estudo dos vários painéis que se encontram nos Milagres escreve: "Do final do século XVIII são os azulejos da igreja dos Milagres, estes da autoria de José Rodrigues, sem dúvida, uma vez que ele próprio os assina e data de 1795 (...). Aqui, José Rodrigues optou, na capela-mor, por dar relevo à inscrição a azul sobre fundo branco, contendo a história do milagres que levou à construção do templo, num emolduramento de vários tons de azul. Esses conjuntos assentam sobre fundos marmoreados de que ressalta o amarelo. Já os do corpo da igreja, todos iguais, formam diversos desenhos a azul vinoso, diferentes de todos os outros deste género. Aqui os sombreados e os riscos mais ou menos carregados dão ao conjunto um aspecto visual muito agradável. Os azulejos dos Milagres foram, decerto, dos últimos a ser executados pelo fundador da Fábrica do Juncal (...)."

Arquitectura:
De cunho marcadamente barroco, oferecendo um acentuado contraste entre a horizontalidade do frontispício e a verticalidade do frontão e das torres, a traça e construção da igreja, remonta à terceira década de Setecentos, e é da responsabilidade dos arquitectos regionais José e Joaquim da Silva Coelho, do Juncal.
A galilé alpendrada, que se abre na frontaria e percorre os flancos, as robustas torres sineiras, que cingem o corpo central, e o frontão recortado conferem beleza ao edifício, envolvido por um amplo adro com escadório. O segundo piso é aberto por janelões de peito de moldura e frontão recortado separados por pilastras que delimitam os arcos do piso inferior.
O interior do templo de uma só nave de pavimento lajeado e cobertura em abóbada de lunetas, e a capela-mor abobadada com camarim e trono, revelam, no material predominante (mármore com embutidos em tons preto e rosa), nos painéis de tela, no revestimento azulejar (da oficina Silvas e Sousas, do Juncal), nos dois púlpitos de balaustres, adossados ao paramento da nave, ambos baldaquinados, o gosto dos finais do século XVIII.
"Breves apontamentos para a história da fundação da igreja do Senhor Jesus dos Milagres no Concelho de Leiria", é o nome de um livro escrito pelo Padre José Ferreira de Lacerda, impresso em Agosto de 1913 pela Tipografia Leiriense. Constam neste, uma série de registos dedicados "